大株主は、廃棄物処理法第7条第５第4号に定める欠格要件の対象であると、一般的には理解されています。
しかし、廃棄物処理法第7条第５第4号では、株主を欠格要件の対象であるとは規定していません。株主は、取締役等と同等以上の支配力がある場合に限り、欠格要件の対象となります。そして、この支配力とは個人的なものであるため、自然人に限られ、法人株主は除外されています（平成30年3月30日、環循規第1803306号、第２、２（4）③）。
産業廃棄物収集運搬業・処分業の許可申請書には、5％以上の株主の氏名等を記載する必要があります（施行規則第9条の2第1項第9号）。しかし、5％以上の株主が、直に欠格要件に該当するのではなく、支配力がある可能性があるとして念のため記載を求めているのです。会社法の感覚から言えば、５％以上の株主が取締役と同等の支配力があるというケースは、滅多にないと思います。したがって、株主が欠格要件に該当することをもって取消しをする場合には、必ず聴聞の手続きをして、反論の機会を与えることが必要になります。
https://www.env.go.jp/hourei/add/k068.pdf
